和同龄人相比，伸直的阴茎长度小于平均值以下2SD.称为小阴茎。正常的男性新生儿阴茎长度平均为3.75cm，而小阴茎仅长lcm，进入青春期，男性的小阴茎呈儿童型。大部分阴茎短小和雄激素水平偏低或雄激素作用不足有关。常并发双侧隐睾、睾丸发育不良、垂体功能减退及肥胖等。也可见于染色体缺陷如Klinefeltr综合症或真两性畸形或正常XY棱型的男性有特发性小阴茎。
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