通常仅根据症状即可作出肠胃炎的诊断，但其原因却常常不易弄清楚。有时家庭中的其他成员或一起工作的同事在近期有过类似的症状;病人曾进食未煮熟、变质或污染的食品，如从冰箱取出后放置过久的蛋黄酱，或进食过生的海产食品;近期曾外出旅游，尤其是去过国外旅游，这些都可为诊断病因提供线索。如果症状严重或持续时间超过48小时，应取其粪便标本作实验室检查，包括白细胞、细菌、病毒或寄生虫。对呕吐物、所进食物或血液的检查也有助于病因诊断。如果胃肠炎症状持续几天以上，应该用结肠镜检查大肠，以了解病人是否患有溃疡性结肠炎或阿米巴痢疾。
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