正常情况下有上千种厌氧菌在人体的皮肤和粘膜上如口腔、肠道和阴道粘膜，正常地无害地生存。在每一立方英寸的大便中可能存在数千亿细菌，厌氧菌感染的病因是如果厌氧菌的特定株的正常环境被外科手术，循环很差或其他组织损伤打乱，它们能侵入宿主组织，引起严重的甚至是致死的感染。
致病性厌氧菌包括存在于尘埃、土壤、赘生物和人及动物的肠道的梭状芽胞杆菌和消化球菌和消化链球菌，两者为口腔、上呼吸道和大肠的正常菌群的一部分。其他的厌氧菌包括脆弱类杆菌为大肠正常菌群的一部分，和产黑杆菌及梭形杆菌为口腔正常菌群的一部分。
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