及时处理感染使之在扩散前被局限于特定的部位可以预防严重的厌氧菌感染。仔细地清洁伤口,清除异物和早期开始抗生素治疗是有效的预防措施。在腹部外科手术前后及手术时静注抗生素被用于厌氧菌感染的预防。
深部伤口感染倾向于由厌氧菌引起,这种感染最初的处理为脓肿引流和外科清除坏死组织(清创术)。因厌氧菌很难在实验室生长,医生常在知道实验室培养结果之前开始用抗生素。深部伤口感染常含有一种以上的细菌,所以同时可给予各种各样的静注抗生素。青霉素厌氧菌感染的治疗用在口腔和咽部混合细菌引起的感染。因为肠源性感染常包括脆弱类杆菌,其对青霉素有耐药性而应用其他的抗生素。
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