诊断本病有赖临床工作者对该病的了解。任何免疫功能受损的病人，如果在病程中出现发热、干咳、胸部x线检查异常时都必须考虑肺孢子虫肺炎的可能。对长期消瘦、低热、体重持续下降、干咳、有药瘾史或有多个不洁性伴侣者，也应警惕本病。对上述病人，血CD4+T淋巴细胞计数在1～11个月的婴儿低于1.5×10^9/L、在成人低于0.2×10^9/L时须特别注意本病的存在。目前，肺孢子虫病的确诊仍依靠在痰、支气管肺泡灌洗液或肺组织活检中发现肺孢子虫。参考免疫学试验、分子生物学检测等其他实验室检查结果最后作出诊断
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