多发性面部异常综合征是遗传病，完全由遗传因素决定是否发病。多发性面部异常综合征遗传方式如下：
本征为常染色体显性遗传，外显率不全，表现度不同，有些患者有家族史。Dixon等通过对12个家族的研究，发现此综合征基因位于第5号染色体。同年.Jabs等将其定位于5q31.3～q33.3。由于本病的病变不对称，故认为由胚胎期出血机制所引起，此学说已为动物模型所证实。即在胚胎第32～40日时，咽升动脉与舌动脉吻合形成后不久发生出血。由于出血程度不同，因此造成血肿大小和形状不规则，使局部组织的病变程度不同。出血的诱因可能为缺氧、高血压、药物(升压药、水杨酸盐、抗凝药、反应停)等。Sulik等曾在1987年通过动物模型实验表明，致畸剂量维生素A可诱发此综合征。
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