抗生素相关性结肠炎的病因：许多抗生素能改变肠道细菌种类和数量的平衡状态，使某些致病性细菌生长繁殖。最常见的致病菌是难辨梭状芽胞杆菌，能产生两种毒素损伤有保护功能的大肠表面。
最常引起抗生素相关性结肠炎的抗生素有氯林可霉素、氨苄青霉素和先锋霉素类，如先锋霉素Ⅰ。其他引起本病的抗生素类还有青霉素类、红霉素、甲氧苄啶-磺胺甲噁唑、氯霉素和四环素。不管是口服，还是注射给予上述药物，都可能引起难辨梭状芽胞杆菌的过度生长。
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