此遗传性疾病是由于病人对谷蛋白的敏感性异常所致。谷蛋白存在于小麦、黑麦、大麦和燕麦之中。麦粉含宥麦胶，而麦胶可被酒精分解出对小肠粘膜有损伤作用的麦胶蛋白。正常人小肠粘膜细胞内含有多肽分解酶，可继续将麦胶蛋白分解成无毒物质。有遗传倾向的病人小腑粘膜缺乏这种分解酶，不能将有毒的麦腔蛋白分解.可造成小肠黏膜细胞损伤而出现吸收不良综合征。麦脏饮食包括小麦、大麦、裸麦、燕麦等类食物，分别含有麦胶蛋白、大麦醇溶蛋白、裸麦醇溶蛋白及燕麦蛋白。前三者间有交叉免疫活性.而燕麦蛋白与其交叉较少，故而其粘膜损害似乎较轻。
研究表明，乳糜泻的发生与位于第6号染色体上的主要组织相溶性复合物MHC-ⅡD区基因表达有明显的相关性。而细胞免疫在小肠粘膜损害过程中起主要作用。在多数有症状及部分无症状的乳糜泻病人中，可检出抗麦胶蛋白抗体(AGA)。在局部的小肠分泌物中，亦可测得AGA的IgA、lgA抗体。AGA可能通过形成免疫复合物及在补体参与下引起发病。此外，除含麦胶饮食矫，可能加杂有其他环境因素。如病毒感染。流行病学研究表明。乳糜泻病人中，AdI2(一种扶人体消化道分离的腺病毒)感染率明显高于对照组，而a.麦胶蛋白与Adl2的Elb蛋白具有同源性，可作为抗原决定簇被识别，但二者间确切的关联尚需进一步研究。
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