1.诊断检查：
1.1.首要检查：
1.1.1.自身抗体测定：APS-Ⅱ型综合征中与APS-Ⅰ型综合征无重叠疾病的相应自身抗体。
1.1.2.HLA定型检查：根据组成APS-Ⅱ型综合征的疾病中对HLA定型的研究，APS-Ⅱ型综合征的发生与HLA型别有密切关系，是APS-Ⅱ型综合征的遗传标志。APS-Ⅱ型综合征组成疾病中，如Graves病、1型糖尿病、艾迪生病、重症肌无力、浆膜炎、腹腔病均与HLA有联系，其高危HLA型比较广泛的单倍型，为HLA-A1、HLA-B8、HLA DR3、DQA1*0501、DQB1*0201。
1.2.次要检查：包括X线、B超、心电图、皮肤与小肠黏膜活检和神经肌电图等，应根据临床上所怀疑的疾病进行选择。如麦胶性肠病小肠黏膜活检，主要表现为肠黏膜变平或皱襞完全消失，显微镜检查活检切片有小肠柱状上皮变矮，基底层有许多浆细胞浸润。
1.3.检查主意事项：浆膜炎可胸腔穿刺作胸腔积液检查以判断是否为渗出液，同时作胸腔积液细菌培养以排除感染。恶性贫血应检查血常规，观察红细胞有无增大、中央发白区缩小或消失和粒细胞计数减少，骨髓检查对确诊有决定性意义。特发性血小板减少性紫癜应作血小板汁数和骨髓检查，后者可排除血小板生成障碍。肺出血-肾小球肾炎综合征尿常规检查有与肾小球肾炎的改变相同。
2.鉴别诊断：SP-Ⅱ型综合征的疾病都可由其他病因引起，其中有些也是自身免疫性疾病，因此当患者只有单个自身免疫性疾病时，鉴别诊断则很困难。因此只能追踪随访，观察以后是否出现其他自身免疫性疾病，另一种鉴别方法是测定血清中的自身抗体，以及其他器官特异性自身抗体。
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