功能性下丘脑性闭经不会遗传。疾病可分为遗传病和非遗传病两大类。遗传病是指完全或部分由遗传因素决定的疾病，常为先天性的，也可后天发病。由感染或伤害引起的则是非遗传病。功能性下丘脑性闭经属于非遗传性疾病，病因如下：
各种异常刺激如突然的精神刺激、剧烈运动、过度的恐慌、忧郁，通过大脑神经内分泌系统的多种渠道，直接或间接的引起下丘脑的Gn-RH脉冲式分泌异常。导致垂体促性腺激素分泌异常，FSH与LH水平下降，LH峰消失，导致闭经。
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