引起食管瘘的原因可分为先天性和后天性。先天性者主要见于新生儿食管闭锁。由于先天性食管腔匕皮闭塞、食管供血异常、局部组织分化生长异常、胎内压过高等因素，引起新生儿先天性食管闭锁伴发食管气管瘘。后天性食管瘘又分为良性食管瘘和恶性食管瘘。
引起良性食管瘘的原因：①外伤、异物损伤;②食管严重的化学烧灼伤;③食管癌内镜下行扩张、微波、激光、电化学、注射等治疗后的并发症;④食管憩室的并发症;⑤由纵隔淋巴结、气管支气管、肺、食管等部位的结核引起;⑥胃食管吻合术后遗症;⑦自发性食管破裂。
引起恶性食管瘘的原因有：①晚期食管癌的严重并发症;②食管癌放疗后并发症;③气管或支气管肺癌等肺部恶性肿瘤侵蚀食管;④纵隔肿瘤侵蚀食管气管。在各种原园引起的食管瘘中，食管气管瘘、食管纵隔瘘、食管胸腔瘘比较多见，而食管主动脉瘘相对少见。
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