1.诊断检查：
1.1.流行病学资料
发病前是否到过疟疾流行区，近有无输血史。流行区居民或曾于疟疾传播季节在疟区住宿，或曾经患疟，或有输血史等，当出现原因不明的发热时，应考虑疟疾的可能。
1.2.临床表现
典型疟疾的临床表现是间歇发作性寒战、高热、大量出汗，贫血和脾肿大。间歇发作的周期有一定规律性，如间日疟为隔天发作一次，三日疟为隔2天发作一次。每次发作都经过寒战、高热，继之大汗热退的过程。一般较易与其他疾病相区别。但应注意在发病初期及恶性疟，其发作常不规则，使临床诊断有一定困难。疟疾反复发作后，多有贫血及脾肿大。脑型疟多在疟疾发作时出现神志不清、抽搐和昏迷。
1.3.实验室检查
血清学诊断：用间接荧光抗体试验或酶联免疫吸附试验等方法检查疟疾抗体，抗体阳性者说明曾患过疟疾。血液的厚、薄涂片经吉姆萨染色(Giemsa stain)后用显微镜油镜检查，寻找疟原虫，对疟疾的诊断有重要意义。厚血涂片待干后先作溶血处理，然后作吉姆萨染色、镜检。其检出率可比薄血涂片提高10倍以上，但较难确定疟原虫的种类，最好能与薄血涂片同时作参照检查。恶性疟患者的疟原虫密度常较高，在一个红细胞内常同时有一个以上的恶性疟原虫寄生。于寒战早期病人的血液涂片中，较常发现环状体。发作数日后可发现配子体。间日疟原虫的环状体、大滋养体和裂殖体都较恶性疟原虫大，而且红细胞胀大、疟色素较明显。骨髓涂片的阳性率稍高于外周血液涂片。
疟疾的其他实验室诊断方法包括：吖啶橙荧光染色法，具有检出速度较快、检出率较高的优点，但亦有需用荧光显微镜检查的缺点。检测特异性DNA的PCR法，灵敏度高，可达每毫升血液中含10个以上疟原虫的水平。
可用免疫学方法检测血液中疟原虫的特异性抗原与特异性抗体，具有方便、快速、敏感的特点。鉴于患者常于感染后3～4周才有特异性抗体出现，因而特异性抗体的检测价值较小，仅用于作本病的流行病学调查。
肝功能试验：血清胆红素浓度升高。尿中尿胆元增加，血清浊反应与锌浊度反应常呈阳性。
1.4.诊断性治疗
临床上高度疑似、但多次检查均未发现疟原虫或无条件检查疟原虫者，可试用氯喹3d治疗方案做诊断性治疗。一般在服药后24~48h后发热被控制而未再发作者可能为疟疾，如发热未能控制而病人又非来自疟原虫耐药地区，则基本可以排除疟疾。
2.鉴别诊断：
疟疾应与多种发热性疾病相鉴别，如败血症、伤寒、钩端螺旋体病、肾综合征出血热、恙虫病、胆道感染和尿路感染等。发病季节、地区等流行病学资料对鉴别诊断有一定帮助。上述疾病的特殊临床表现以及有关的实验室检查亦有较大帮助。然而，最重要的鉴别诊断依据是确定其病原体。大多数临床上误诊的疟疾病例都是由于医生对本病缺乏警惕，忽视其存在的可能性所造成的。若能及时作病原学检测，绝大多数病例可获得明确的诊断。恶性疟临床表现不规则，如忽视流行病学资料，则常致延误诊断。当发展为脑型疟时，应与乙型脑炎、中毒型菌痢、散发病毒性脑炎等相鉴别。只要警惕本病，及时作血液或骨髓涂片的疟原虫检查，就可及早明确本病诊断。
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