先天性跗骨连合不是遗传病，但是具备遗传倾向。遗传倾向即有遗传的可能性，父母遗传给下一代的不是疾病的本身，而是遗传容易发生先天性跗骨连合的体质，即遗传易感性。遗传是发病的一个重要重要原因，但不是因素。具体病因如下：
病因病因不明，有遗传倾向。还有作者认为是胚胎发育期，原始间充质没有分化或节段形成错误所致。
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