先天性黄斑缺损病因尚无定论，有以下几种学说：
1、遗传学说 有家族遗传倾向，家系调查可发现父子、母子或同胞兄弟姐妹间亦患有同样病变。当双侧黄斑缺损伴指(趾)骨发育不全，或两手食指无指甲或部分残存，称Sorsby综合征，为一种常染色体显性遗传病。
2、宫内感染说 认为宫内炎症影响了胚胎发育所致。并推测不同类型的临床表现是因感染时间不同和组织反应上差异的结果。色素型感染发生在胚胎末期(胎龄8~9个月)，色素反应重，与成人的脉络膜炎相似。无色素型感染时间较早(胎龄5~6个月)，感染毒素较强，故病变区内色素被破坏，以及视网膜全层破坏而致视网膜血管中断。伴有血管畸变者则感染时间较早，约在胚胎3个月以前，玻璃体动脉尚未萎缩消失，视网膜与脉络膜同时受累，因而出现血管异常吻合。
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