FAPS的病因尚不明确。由于FAPS患者经常伴有某些精神症状或心理异常倾向,如焦虑、抑郁或躯体化症状,而且慢性腹痛在抑郁症患者中十分多见。提示中枢神经系统在FAPS的发病机制中起着重要作用。近期的某些研究用功能性磁共振检查(fMR1)发现FAPS患者在大脑皮层的某些部位产生的菜些具有神经生化活性的物质可以影响FAPS症状的产生,提供了该症引发的功能障碍和中枢神经系统之间具有联系的证据。再结合FAPs的症状特点及小剂量的三环类抗抑郁药物对其治疗有效,说明FAPS很可能是一种中枢神经源性的疼痛。尽管如此。目前仍未能排除其他因素,如神经内分泌机制对FAPS发病的影响。
FAPS与多种精神心理疾患和应激事件关系密切,临床研究显示功能性胃肠病与早期的负面生活事件和社会心理因素有关,FAPS的发病可能是由遗传易感性和社会心理因素共同引发。在一个针对因躯体化功能障碍就诊的人群的研究中,腹痛被认为是仅次于头痛和背痛的第三大常见的病因。尽管本文把FAPS作为一种功能性胃肠病加以讨论,但其也可归类于一种精神疾病。在精神病学的范畴中,FAPS被定性为一种躯体感觉疼痛障碍。除了患者的精神状态、社交技巧、负面生活事件和不良生活习惯都可能影响FAPs患者的生活质量和对治疗的反应外,既往外伤史也是导致患者痛觉过敏的可能因素。
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