功能性腹痛不是遗传病，但是具备遗传倾向。遗传倾向即有遗传的可能性，父母遗传给下一代的不是疾病的本身，而是遗传容易发生功能性腹痛的体质，即遗传易感性。遗传是发病的一个重要重要原因，但不是因素。具体病因如下：
FAPS的病因尚不明确。由于FAPS患者经常伴有某些精神症状或心理异常倾向，如焦虑、抑郁或躯体化症状，而且慢性腹痛在抑郁症患者中十分多见。提示中枢神经系统在FAPS的发病机制中起着重要作用。近期的某些研究用功能性磁共振检查（fMR1）发现FAPS患者在大脑皮层的某些部位产生的菜些具有神经生化活性的物质可以影响FAPS症状的产生，提供了该症引发的功能障碍和中枢神经系统之间具有联系的证据。再结合FAPs的症状特点及小剂量的三环类抗抑郁药物对其治疗有效，说明FAPS很可能是一种中枢神经源性的疼痛。尽管如此。目前仍未能排除其他因素，如神经内分泌机制对FAPS发病的影响。
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