影像学上，前肠囊肿表现为边界完整、均一、球形的纵隔肿物，大小为2～10cm。典型的支气管源性囊肿发生在气管旁或气管隆突旁，但也可见于胸腔内的任何部位。胸部CT检查，支气管源性囊肿为衰减不一的非增强球形病灶，囊壁可出现增强或钙化，囊腔与气管支气管树相通极少见，若发生液化，囊内可出现液平。在儿童期，气管支气管树受压可导致气肿、肺不张或气管移位、偶尔,囊肿也会比较隐蔽，或被肺实变所掩盖。在MRI，囊肿内容物在T1加权影像上可表现为低或高信号强度，而在T2加权影像上表现为典型的高亮度信号强度。对于CT检查提示前肠囊肿可能的病人，支气管镜或胸腔镜捡查吸出含黏液和支气管上皮细胞的非血性液体有助于诊断的确立。
肠源性囊肿的影像学特点与支气管源性囊肿基本一致，但肠源性囊肿极少有钙化。多数的重复食管囊肿位于右侧食管远端。90%的神经管原肠囊肿发生于右侧后纵隔.通常在气管隆突以上，与食管相互分开，大小自数厘米到12 cm不等，且50%并发颈段和上胸段脊柱异常，诸如脊柱侧凸、脊柱前裂、偏侧脊柱发育不良、蝶状脊椎或脊椎融合。对后纵隔囊肿应进行MRI检查以排除脊柱内扩张。
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