下丘脑性闭经不是遗传病，但是小部分患者的发病可能与遗传有关。有家族史的家庭成员，发生的比率比没有家族史的要高些，说明下丘脑性闭经的发病与遗传有一定关系，但是无明确的对应关系。具体病因如下：
下丘脑性闭经1精神、神经因素：精神紧张、恐惧、忧虑、环境改变，地区迁移，以及寒冷刺激等，都可导致闭经；2颅内器质性病变；3慢性消耗性疾病；4肥胖生殖无能性营养不良症（dystrophiaadiposo-genital）；5药物影响：例如妇女在使用避孕药后少数引起继发闭经；6泌乳闭经综合征；7多囊卵巢；8其他内分泌腺疾病影响。
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