1.实验室检查：
1.1.血清学检查 可采脑脊液、血液，应用免疫方法检测JCV抗体，但对PML诊断意义不大。
1.2.脑脊液检查 常规及生化大多正常，少数可呈现脑脊液蛋白轻度增高或单核细胞增多。
1.3.脑电图 非特异性弥漫性低幅慢渡或伴有局灶性异常，呈器质性脑病现象。除可以协助定位补，可用于衡量抗病毒治疗的疗效评价。
1.4.神经影像检查(CT或MRI) 显示脑白质多灶性异常，无占位效应，无强化现象。对于确定临床诊断和脑活检部位十分有用。
1.5.x射线检查 头颅平片正常，气腑影影及脑血管造影也正常。也有报道气脑造影显示轻度脑萎缩，脑血管造影呈颅内占位性病变的改变。
1.6.脑组织活检 除在光镜下见到有典型的组织病理学改变外.电镜下可在病变寡突胶质细胞核内见到病毒颗粒。在活检标本上可利用免疫组化方法检测病毒抗原或利用杂交技术检测病毒的桉酸。对PML有确诊价值。
1.7.病毒分离及病毒抗原检测 活检或尸检脑组织标本可以接种在人胚脑组织中.通过组织培养进行病毒分离。同时，可采用免疫荧光沾、免疫电镜法检测病毒抗原成分.但因操作技术复杂及费时较长而不宜用于临床早期诊断。
2.诊断与鉴别诊断：
2.1.诊断 PML的诊断主要根据临床证据，虽无特异性，但也有帮助。在原有影响免疫功能疾病基础上出现进行性神经系统症状如神经、精神症状，视力障碍，语言困难，各种进行性的瘫痪等，结合辅助检查(EEG、CT、MRI)可作出诊断，但只有脑组织活检发现PML独特的神经病理学改变或发现病毒颗粒、核酸、抗原才能确诊。其他相关疾病也可根据临床表现、实验室检查来诊断，但JCV与相关疾病之间的关系尚待进一步研究。
2.2.鉴别诊断 本病需与免疫功能低下者其他中枢神经系统的机会感染鉴别，如弓形体、真菌、分枝杆菌、巨细胞病毒等病原微生物感染。PML尚需与中枢神经系统淋巴瘤、脑血管栓塞、颅内出血等疾病相鉴别。
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