1.实验室检查：
1.1.尿液检查 可见肉眼血尿、蛋白尿，镜检有大量的红细胞，输尿管狭窄继发感染时有较多量的白细胞、脓细胞。
1.2.病原学检查
1.2.1.尿细胞学检查：取患者尿沉渣细胞涂片，染色后用光学显微镜观察，可见到病毒感染的细胞核变大或异常转变细胞，核内含有嗜碱性包涵体。其特点类似巨细胞病毒包涵体。
1.2.2.免疫荧光技术和ELISA法：检测尿脱落细胞中病毒抗原。
1.2.3.血清学检查：采用血凝抑制试验检测患者血清中BK病毒血凝抗体。
1.2.4.病毒DNA杂交：检测从感染组织中提取的DNA，采用Southem和斑点杂交法检测BKV DNA。
1.2.5.电子显微镜：在感染细胞的超薄片或用负染色法制备的标本中都可观察到位于细胞核中的病毒颗粒。
1.2.6.病毒分离：采用原代人胚胎肾细胞或人二倍体成纤维细胞进行病毒分离培养。感染细胞至少培养4周后，检测感染细胞的病理改变、培养液中的病毒抗原.以及用电镜观察病毒颗粒。但费时、费力，而且受条件限制。
1.3.膀胱镜检查 可检查和确定膀胱内服病损改变和膀胱出口有无堵塞。
1.4.腹部B超检查 是一种无损伤性检查，不受功能的影响.而且还能揭示某些功能状况。对泌尿系统感染和泌尿系统可疑性异常是首选方法.结果十分精确。观察有无输尿管狭窄、膀胱壁炎症改变等对本病诊断有重要意义。
1.5.静脉尿路造影 用来显示肾脏和下尿路，包括肾脏轮廓、集合系统、肾盂、输尿管，最终显示膀胱。能查明复发性泌尿道感染、尿路堵塞部位，并可提供肾功能的有关信息。
2.诊断与鉴别诊断：
2.1.诊断 根据临床症状表现及实验室检测出病毒抗原和抗体或尿脱落细胞发现病毒包涵体。特别是有免疫功能低下、器官移植受者。诊断可以成立。
2.2.鉴别诊断
2.2.1.出血性膀胱炎：应与一般感染性与非感染性血尿，包括肾盂肾炎、急性肾小球肾炎、肾或膀胱结核、结石、肿瘤以及其他病因所致膀胱炎鉴别。根据尿液检查炎性成分多，尿细菌学检查、菌落计数和菌种培养可鉴别细菌感染性血尿。根据大量蛋白尿、管型尿及肾功能受损的水肿、高血压可鉴别肾小球肾炎，肿瘤和结石可通过影像学检查结果鉴别。
2.2.2.输尿管狭窄应与输尿管肿瘤、结石等非感染性和结核、寄生虫、细菌等慢性感染性疾病引起的输尿管狭窄相鉴别。尿路超声检查、x线尿路造影等对非感染性输尿管狭窄有重要诊断价值.感染性狭窄确诊靠尿液病原学检查。
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