实验室检查主要是利用PCR或定量PCR方法可在患者尿液或血清中检测到BK多瘤病毒，也可以利用DNA杂交、免疫组化或电镜监测的方法检测组织病理中的BK多瘤病毒，但是在电镜下不能区分BK多瘤病毒和JC病毒，血清学检查可查到BK病毒的IgG和IgM抗体，但可根据滴度变化情况判定其临床意义。
骨髓移植后的血尿应与细菌性尿道感染、免疫抑制剂引起的化学性膀胱炎和骨髓移植后诱发的血小板减少有关的出血鉴别，细菌性尿路感染可以通过尿液培养鉴别。
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