诊断检查：
根据发病部位，临床表现及病理组织学特点可以诊断。相对念珠菌的深部感染而言，浅部念珠菌病的临床表现大都具特征性，在密切结合临床的前提下，可通过实验室检查来确立诊断。检查的程序分为取材、分离、镜检、培养和鉴定几个步骤。临床分离的念珠菌均应先做芽管试验，阳性说明是白色念珠菌，不必再做其他试验，这是一个十分有效且经济的筛选性试验，因为念珠菌临床分离株的75%以上为白念珠菌，其他种的念珠菌的鉴定需要做生化试验，即碳水化合物的利用试验。有条件的医院可用微生物自动检测仪进行鉴定。目前有多种测定致病酵母的商品化试剂盒，如APl- 20，简便准确。
念珠菌属的许多成员是口腔、胃肠道或阴道的正常居住菌，因此从痰液或粪便标本中分离出念珠菌不能证实诊断。所有怀疑是深部念珠菌病的病例均应做血培养。从尿液中分离出念珠菌常表明有严重感染，不要再留置尿路导管。在非导管留置患者，首先应确定阴道或会阴的感染并未导致尿液标本的污染。从尿液中分离出热带念珠菌比白色念珠菌更提示播散性念珠菌病;从脑脊液中分离出病原菌是念珠菌脑膜炎的可靠证据，但常需大量液体的重复培养;用气管镜获取的支气管分泌物的培养结果较痰培养结果更可靠。
所有怀疑深部念珠菌病的患者均应做血清学检查，但对结果要有合理解释，单独一次沉淀试验阳性并不能确立诊断。同样，一次试验阴性并不能排除免疫功能低下者念珠菌感染的存在。因此，血清学检测在定期、间隔、连续进行时最有价值。目前以PCR技术为基础的分子诊断已进行了许多实验研究和临床评价，其高敏感性、高特异性及快捷性有望能迅速用于深部真菌感染的早期诊断。
念珠菌感染的X-线表现无特异性。念珠菌肺炎与其他真菌感染一样，在CT上可产生一种晕征的表现，即环绕密度增高浸润影周围的毛玻璃样淡薄区D由于耐药念珠菌株的出现，使念珠菌病的治疗变得更加复杂。对念珠菌血症患者应常规进行眼底检查，于视网膜和脉络膜上可见白色云雾状或棉球样病灶。此外，深部真菌感染的病理诊断亦极为重要，部分患者多次真菌检查皆为阴性，病变部位的病理组织检查如发现真菌，即可确诊。
鉴别诊断：
泛发性皮肤念珠菌病应与急性湿疹和尿布皮炎鉴别;念珠菌性口角炎应与核黄素缺乏病鉴别;口腔念珠菌病应与黏膜白斑和扁平苔藓鉴别。
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