多重肺部感染尽管临床上相当常见，但确诊甚为困难，一是因为某些病原体如病毒等实验室诊断技术不能适应临床需要;二是由于下呼吸道标本采集困难，上呼吸道和口腔存在大量定植菌，而在长期住院或抗菌治疗过程中其菌群经常变化，经口咳痰标本易遭污染，培养有多种细菌生长不表示真正存在多重感染，相反培养无菌生长或单一细菌生长并不能排除多重感染。
临床上凡有上述好发多重感染的病种和危险因素或者中重度肺部感染经规范的抗生素治疗无效的患者都应该提高警觉，考虑到多重感染的可能。肺脓肿和支气管扩张症常见厌氧菌和需氧菌混合感染，如果临床症状典型，便可按多重感染处理。在其他类型肺炎其多重感染包括二重感染的诊断需要确切的病原学证据。血液和胸液标本培养结果最具诊断价值，下呼吸道防污染或支气管肺泡灌洗标本需要结合定量培养。咳痰经过筛选，取合格标本培养，若两种或两种以上细菌是优势生长均达到106CFUml，有重要参考价值。条件致病性真菌亦需从下呼吸道应用防污染技术进行采样，口痰标本培养结果无意义。病毒检测因培养困难，血清免疫学和分子生物学技术有参考价值。病理组织学检查对铜绿假单胞菌肺炎和某些特殊病原体感染(真菌、卡氏肺孢子虫、分枝杆菌)结合特殊染色有重要诊断价值。
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