症状给予终生激素替代治疗前，垂体功能减退诊断必须确立，应该有垂体形态异常和激素缺乏依据。蝶鞍的头颅X线和视野测定将证明肿瘤存在。高分辨率CT或MRI(当需要时用强化剂)是首选方法。当无高分辨率CT时。可采用蝶鞍多分层摄片。阳电子流分层摄片在少数特殊中心用作研究工具。脑血管造影仅仅是当X线检查提示鞍旁血管异常或血管瘤时出现指征。当无现代神经放射设备时，对直径>10mm垂体腺瘤，简单的低聚焦筒(coned-down)垂体侧位片仍然是合理的首选方法。
鉴别：全垂体功能减退也必须与某些其他疾病鉴别，包括神经性厌食症，慢性肝病，肌强直性营养不良，多腺体自身免疫病。神经性厌食的临床特征(一般见于女性)通常可作出诊断。症状包括恶病质，对食物和体形观念异常，尽管闭经，但第二性征仍然存在，GH和皮质醇基础水平一般增加。因为下丘脑病变可以使控制食欲中枢障碍，疑有神经性厌食病人，应作X线蝶鞍检查。
酒精性肝硬化或血色病有睾丸萎缩伴全身虚弱时，常常疑及垂体功能减退。然而，多数情况下可以发现潜在的原发病，经实验室检查可以排除垂体功能减退。这些病尸解，罕见有广泛的垂体功能障碍形态学依据。
肌强直性营养不良病人主诉为进行性肌无力，早秃，白内障，提示早衰面容;男性可有睾丸萎缩。内分泌检查可排除垂体功能减退。
多腺体自身免疫病，通常有两种或更多内分泌激素缺乏。假如这些是垂体靶腺激素，应当考虑为垂体源性。测定有关垂体激素将证明垂体功能正常，除非淋巴细胞性垂体炎是综合征的组成部分
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