各年龄组均可感染发病，但以≤3岁年龄组发病率最高。
1.感染初期：
患者表现为低热、流涕、食欲下降、口痛、呕吐、腹泻等。发热是婴幼儿EV71感染的常见临床症状，患者绝大多数是小于6个月婴儿。
2.急性呼吸道症状：
是EV71感染的又一组常见临床症状，它包括一些常见呼吸道症状，如咽炎、哮喘、细支气管炎和肺炎，发病年龄一般为1～3岁，需要住院治疗。
3.口腔黏膜：
出现小疱疹，常分布于舌、颊黏膜、硬腭，也可以出现在扁桃体、牙龈及咽部等，疱疹破溃后形成溃疡。
4.皮肤：
在口腔病变的同时皮肤可以出现斑丘疹，以手足为多见，皮疹主要分布于手背、指间，偶见于躯干、大腿、臀部、上臂等处，呈离心性分布，斑丘疹很快转为小疱疹，直径约3～7mm，质地稍硬，自几个至数十个不等，2～3日自行吸收，不留痂。
5.神经系统：
EV71累及神经系统多发生于5岁以下儿童，1～2岁幼儿发病率最高。主要表现为无菌性脑膜炎、脑炎及瘫痪性疾病，多发生于5岁以下幼儿，1岁以下婴儿发病率最高。临床表现变化多样，病情轻重不一，一般表现为阵挛、呕吐、共济失调、意向性震颤、眼球震颤及情感淡漠等。头颅MRI及脑电图检查有助于明确疾病的严重性。
6.其他：
大多数为良性过程，多自愈，但可复发。
手足口病EV71病毒可以侵害神经系统，造成一系列的重症表现。出现神经性病毒反应。若患者体质较弱，可能导致呼吸循环系统衰竭。可能会发展得很快。刚开始的时候可以没什么反应，过两个小时以后很快识别，口吐粉红色唾液，说明已经水肿了。对儿童危害很大，容易造成呼吸循环系统衰竭。
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