藏毛窦和藏毛囊肿不会遗传。疾病可分为遗传病和非遗传病两大类。遗传病是指完全或部分由遗传因素决定的疾病，常为先天性的，也可后天发病。由感染或伤害引起的则是非遗传病。藏毛窦和藏毛囊肿属于非遗传性疾病，病因如下：
1946年Datey和Scarff报道1例理发师手指上发现藏毛窦后，先天性病因论受到了冲击。Datey发现本病是毛发穿人皮肤并留置于内，引起皮化而形成窦道。或因皮肤原发感染，继发毛发植入。其后报道很多，有腋部、会阴、大腿截肢后残端等处。关于骶尾部藏毛囊肿的发病机制，RoharBearley认为是开始毛发高端在附近刺入皮肤，形成短管道，而毛发仍然与其根部相连，短管道随即皮化，他提出阶段为“刺人性窦道”，当毛发由原来的毛囊脱落后，被皮化短道产生的引力吸入，第二阶段为“吸入性窦道”，并认为乘吉普车长途跋涉，中臀持续受到强烈颠簸，摩擦和扭动等作用有关，故臀部发病率高。他曾测量臀裂向两侧分开时，局部压力变化达784.4Pa，因而臀沟有一定的吸引力。
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