NTIS的诊断主要根据原发疾病的表现、程度、实验室检查及甲状腺激素变化的追踪观察来确定。若存在上述引起低T3综合征的原发病因，血清中TT3降低，FT3正常或降低、血清rT3升高，血清TSH和TT4正常，FT4增高或正常，游离T4指数常增加，一般可诊断低T3综合征。若患者存在严重的消耗性疾病(如肝硬化、肾功能不全、烧伤、重症感染、长期饥饿、神经性厌食、重大手术后、恶性肿瘤等)，血TT3、TT4、FT3水平均降低，FT4正常或降低。血TSH正常或低值，rT3正常或升高，TBG正常或低值，TRH兴奋试验正常或反应迟钝，可诊断为低T3或低T4综合征。有些患者在疾病的急性期，血清TT4升高，FT4升高或正常，TT3可能正常，FT3正常低值或低于正常，血清rT3升高应疑为高T4综合征(在老年女性患者中较常见，大多有服用含碘药物病史)，但应注意与T4型甲亢相鉴别。
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