无症状的瘤体小的脂肪瘤不需要治疗，而对有症状瘤体直径大于2cm者应作治疗。以往都采用局部手术切除治疗，组织损伤较大，近年来随着内镜手术的开展，可使部分患者免于外科手术治疗。国内杨希山等报道6例大肠脂肪瘤，5例在结肠镜下摘除;内田等统计47例，小于3.5cm以下均在内镜下摘除，并认为既往无肠套叠史，肿瘤在3.5cm以下者行内镜下摘除为第一选择。因此本病的治疗可根据其形态、大小及生长方式来选择最佳治疗方法。
大肠脂肪瘤可行内镜下治疗，有以下几种方法：
1.高频电凝圈套器摘除法 一般直径小于2.5cm伴有症状脂肪瘤，可在内镜直视下高频电凝圈套器摘除。有蒂脂肪瘤摘除方法与息肉摘除相同。无蒂脂肪瘤，可将套圈置于脂肪瘤周围，用圈套器的绝缘塑料管端部紧抵脂肪瘤的近侧缘基底部，使脂肪瘤向腔内突出，并限制其活动，随之逐渐收紧套圈，然后行电凝切除，或可先以吸引管中负压吸引小脂肪瘤，牵拉周围黏膜形成一假蒂，然后再用圈套器把脂肪瘤全部套入电凝摘除;较大脂肪瘤亦可分割电凝摘除。最近有人介绍可在肿瘤下注射等渗或高渗盐水以及1∶2000肾上腺素液，使肿瘤隆起，这样摘除肿瘤更安全，并可减少出血机会。
2.微波凝固治疗 内镜下微波组织凝固是继高频电凝固法、激光凝固法之后开展一种新的内镜治疗技术。其治疗的本质系加温治疗。目前这种技术已广泛用于临床消化道肿瘤、出血和息肉各种病变的治疗。在常规内镜检查下，发现脂肪瘤后，首先观察其大小、形态和位置，取活检后，再将微波传递电缆从内镜活检孔插入肠腔内，据瘤体形态、选择不同部位，将针状电极(2～4mm)插入瘤内组织，选择一定微波功率和时间对准1个或多个靶点多次照射，使肿瘤凝固、坏死，达到治疗目的。微波辐射引起深部组织损伤，可通过微波电极插入组织的深度来控制，故一般不留后遗症，也可引起穿孔;同时微波治疗大肠良性肿瘤不受其形态、大小的影响，有根治作用。
3.外科手术治疗 鉴于脂肪瘤诊断困难，在X线或内镜下有时不易与其他息肉样病变如腺瘤或癌瘤等区别。因此，诊断上不能与大肠癌区分或大于2.5cm伴有症状的患者，以及不宜在内镜下治疗的患者，应作局部连同受累肠段切除;同时应检查有无肠道恶性肿瘤的并存。
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