第二类疫苗，是指由公民自费并且自愿受种的其他疫苗。
常见的二类疫苗有：口服轮状病毒疫苗、甲肝疫苗、HIB疫苗、流感疫苗、狂犬病疫苗等。二类疫苗中有可替代一类疫苗的选择，乙肝疫苗就属于一类疫苗，但二类疫苗中也有乙肝疫苗可供选择，如进口的乙肝疫苗就是二类疫苗。2017年2月，国务院提出逐步推动将安全、有效、财政可负担的第二类疫苗纳入国家免疫规划，使群众享受到更加优质的接种服务。
一类(免费)和二类(自费)疫苗的较大区别是管理不同，前者的费用是国家买单，后者则不是。HIB之类的二类疫苗在很多国家也是免费接种的，从预防疾病的角度看，接种二类疫苗可以让孩子获得更为广泛的保护，是值得接种的。
