根据细菌的形状可以将其分为三类，即：球菌、杆菌和螺旋菌三类。而按细菌的生活方式可以分为自养菌和异养菌两大类类，其中异养菌包括腐生菌和寄生菌。按细菌对氧气的需求来分类，又可将其分为需氧(完全需氧和微需氧)和厌氧(不完全厌氧、有氧耐受和完全厌氧)两大类细菌。
异营的腐生细菌是生态系中重要的分解者，与碳循环的顺利进行密不可分。也有部分细菌能够进行固氮作用，使氮元素得以转换为生物能利用的形式。
其它原核生物一样，细菌只有拟核而没有核膜，DNA集中在细胞质细菌中的低电子密度区，往往将该密度区称核区或核质体。一般来说，细菌往往具有1-4个核质体，多的甚至可以达到20余个。
众所周知，细菌与人类的日常生活活动密不可分。一方面，细菌是许多疾病的病原体，包括肺结核、淋病、炭疽病、梅毒、鼠疫、砂眼等疾病都是由细菌所引发。但是，凡事都有两面性，细菌也对人类有益的一方面。人类可以利用细菌进行乳酪及酸奶的制作，除此之外，部分抗生素的制造、废水的处理等，都与细菌有关。
据新闻报道，科学家利用嗜甲烷菌来分解美国佐治亚州的三氯乙烯和四氯乙烯污染，这种做法叫做生物复育，这也从侧面说明了细菌具有降解多种有机化合物的能力。
细菌还与日常生活中的食物的制造密不可分。细菌通常与酵母菌及其他种类的真菌一起用于发酵食物，例如在醋的传统制造过程中，人们就是利用空气中的醋酸菌使酒转变成醋。其他利用细菌制造的食品还有奶酪、泡菜、酱油、醋、酒、优格等。
