衣原体是一种在自然界中传播很广泛的革兰氏阴性病原体，过去被人们认为是病毒，现归属于细菌范畴。然而事实上，衣原体是一种既不同于细菌也不同于病毒的一种微生物。
衣原体与病毒不不能等同。它们之间的主要区别在于衣原体具有DNA、RNA两种核酸、核糖体和一个近似细胞壁的膜，并且个体较病毒大同时又以以二分裂方式进行增殖，能被抗生素抑制。同时，衣原体是一种能量寄生物，这是由于它并没有合成高能化合物ATP、GTP的能力，进行生命活动的所需能量必须由宿主细胞提供的缘故。
因为衣原体广泛寄生于人类、鸟类及哺乳动物。并导致了人类的一些疾病，例如沙眼衣原体、肺炎衣原体、鹦鹉热肺炎衣原体等都是与衣原体的寄生有着密不可分的关系。
至于衣原体的形状，它们大多呈球状、堆状， 有细胞壁，有细胞膜，属原核细胞，以一般寄生在动物细胞内。总的来说，它是一类在真核细胞内营专性能量寄生的G原核微生物，呈球形，直径只有0.3-0.5微米的微小个体，它无运动能力，广泛寄生于人类、哺乳动物及鸟类，仅少数有致病性。
目前已知的与人类疾病有关的衣原体有鹦鹉热衣原体、沙眼衣原体和肺炎衣原体三种，这三种衣原体均可引起肺部感染。鹦鹉热衣原体可通过感染有该种衣原体的禽类，如鹦鹉、孔雀、鸡、鸭、鸽等的组织、血液和粪便，以接触和吸入的方式感染给人类。而沙眼衣原体和肺炎衣原体则主要在人类之间以呼吸道飞沫、母婴接触和性接触等方式传播，最终导致相应的人类疾病。
