松果体在两眉中心向后方的沿在线，在头脑的中间偏后一点的地方，位于间脑脑前丘和丘脑之间，呈扁锥型小体，其形状就像一颗松果，故名松果体。为长5～8mm，宽为3～5mm的灰红色椭圆形小体，重120～200mg，位于第三脑室顶，故又称为蜂蜜脑上腺，其一端借细柄与第三脑室顶相连，第三脑室凸向柄内形成松果体隐窝。有大量证据表明，松果体是有感光组织结构基础的，而且有完整的感光信号传递系统，充满视网膜色素的松果体常被人称为“第三只眼”。
松果体表面被以由软脑膜延续而来的结缔组织被膜，被膜随血管伸入实质内，将实质分为许多不规则小叶，小叶主要由松果体细胞、神经胶质细胞和神经纤维等组成。松果体细胞是松果体内的主要细胞。
在HE染色标本中，松果体细胞为圆形或不规则形。核大，圆形、不规则形或分叶状，着色浅，核仁明显。胞质呈弱嗜碱性，含有少量脂滴。在镀银染色标本中，松果体细胞形状不规则，有长短不一的突起，突起末端膨大，常止于血管周围。电镜下，细胞质内有粗面内质网，高尔基复合体和小圆形分泌颗粒，颗粒内含有褪黑激素。胞质内还有较丰富的线粒体、游离核糖体和脂滴。细胞膜常与神经末梢形成突触;在松果体细胞近突触部可见有突触带。突触带由中等电子密度高的小棒状结构及其周围的小泡组成，其功能不清。神经胶质细胞较少，位于松果体细胞之间。在HE染色标本中，细胞胞体小，形态不规则，细胞核小，染色深。细胞有突起，末端附着在松果体细胞或伸到血管周围间隙。电镜下可见胞质内含有丰富的粗面内质网、游离核糖体和微丝等。 在松果体细胞之间还可见到一些圆形、卵圆形或不规则形钙化颗粒，称为脑沙，其成分主要为磷酸钙和碳酸钙。脑沙一般出现在青春期后，其量随年龄而增加。脑沙的功能意义尚不清楚，有人认为。脑沙的数量可能反映其过去分泌激素的活动情况。
松果体的神经主要来自预交感神经节节后纤维，神经末梢主要止于血管周围间隙，少量止于松果体细胞之间，有的与细胞形成突触。松果体的功能尚不十分了解。一般认为，人的松果体能合成、分泌多种生物胶和肽类物质，主要是调节神经的分泌和生殖系统的功能，而这种调节具有很强的生物节律性，并与光线的强度有关。松果体细胞交替性地分泌褪黑激素和5-羟色胺，有明显的昼夜节律，白昼分泌5-羟色胺，黑夜分泌褪黑激素，褪黑激素可能抑制促性腺激素及其释放激素的合成与分泌，对生殖起抑制作用。另外，近年来发现，松果体细胞还分泌8-精催产素、5-甲氧色醇、黄体生成素释放激素和抗促性腺因子等，其意义尚待探讨。
松果体能感受光的信号并作出反应。松果体是人类神秘的“第三眼”所在之处，可以透过静心、冥想、练气功、打坐等等，由体内的能量激发活化它的原始功用，可以捕捉到肉眼所看不见的不可见光，不需经过瞳孔、水晶体、视神经等的传导，直接在脑海中成像。例如人们在阳光明媚的日子里会感到心情舒畅、精力充沛、睡眠减少。反之，遇到细雨连绵的阴霾天气则会情绪低沉、郁郁寡欢、常思睡眠。这是因为松果体细胞内含有丰富的5一羟色胺，它在特殊酶的作用下转变为褪黑激素，这是松果体分泌的一种激素。褪黑激素的化学结构非常简单，但是在人体内却具有举足轻重的作用：它监视着体内各种腺体、器官的运作，指挥各种荷尔蒙维持在正常的浓度;它可以抑制人体交感神经的兴奋性，使得血压下降、心跳速率减慢、降低心脏负担;它能够减轻精神压力、提高睡眠品质、调节生物时钟、缓解时差效应，而且具有加强免疫功能、抵抗细菌病毒及预防癌症、老年痴呆症等多种疾病的功效。
