小肠的始段十二指肠以后的部分，虽然可进一步把它分开，前段为空肠，后段为回肠，但两者之间是没有明显界线的。空肠与回肠盘绕于腹腔的中、下部。空肠与回肠在腹腔内迂曲盘旋形成肠样。
空肠位于腹腔的左上侧，回肠位于右下侧，空肠稍粗，由于有很多血管分布而微带红色。空肠约占空回肠的上2/5，主要位于左外侧区和脐区，其特点是血管丰富，较红润，管壁厚管腔大，粘膜面有高而密的环形皱襞，并可见许多散在的孤立淋巴滤泡。因为空肠的消化和吸收力强，蠕动快，肠内常呈排空状态，所以叫空肠。
回肠约占空、回肠的下3/5，主要位于脐区和右髂区，和空肠都属于腹膜内位器官，借肠系膜悬附于腹后壁，总称系膜小肠。其特点是色淡红，管壁薄管径小，粘膜面环形皱襞稀疏而低，除有孤立淋巴滤泡外，还可见集合淋巴滤泡，系膜内血管弓较多，脂肪较丰富。回肠下端与盲肠相连。
空肠与回肠均由肠系膜连于腹后壁，其活动度较大。空肠与回肠的粘膜形成许多坏状襞，襞上有大量小肠绒毛，因而极大地增加了小肠的吸收面积。环状嬖在空肠上1/3段，最密较高，向下逐渐减少变小，到回肠下部几乎消失。粘睡层内含有淋巴滤泡，分孤立淋巴滤泡与集合淋巴滤泡两类，前者分散于空肠与回肠粘膜内，后者多见于回肠下部，有20～30个，呈梭形，其长轴与小肠长轴一致，常位于回肠的对系膜缘。肠伤寒的病变发生在集合淋巴滤泡，可并发肠穿孔或肠出血。
距回肠末端0.3—1m范围的回肠壁上，约2%的成人有长2—5cm的羹状突起，自肠壁向外突出，口径略细于回肠，称Meckel憩室，此为胚胎时期卵黄蒂未消失形成的。此憩室可发炎或合并溃疡穿孔，因其位置靠近阑尾，故症状与阑尾炎相似。
