基因连锁与交换定律是指在进行减数分裂形成配子时，位于同一条染色体上的不同基因，常常连在一起进入配子;在减数分裂形成四分体时，位于同源染色体上的等位基因有时会随着非姐妹染色单体的交换而发生交换，因而产生了基因的重组。基因的连锁和交换定律与基因的自由组合定律并不矛盾，它们是在不同情况下发生的遗传规律：位于非同源染色体上的两对(或多对)基因，是按照自由组合定律向后代传递的，而位于同源染色体上的两对(或多对)基因，则是按照连锁和交换定律向后代传递的。
基因连锁分为完全连锁遗传和不完全连锁连锁。基因连锁和互换规律的实质：位于同一染色体上的不同基因，在减数分裂过程形成配子时，常常连在一起进入配子;在减数分裂的四分体时期，由于同源染色体上的等位基因随着非姐妹染色单体的交换而发生互换，因而产生基因的重组。基因的自由组合规律和基因的连锁互换规律是建立在基因的分离规律的基础上的，生物形成配子时，在减数次分裂的过程中，同源染色体上的等位基因都要彼此分离。在分离之前，可能发生部分染色体的交叉互换。在同源染色体分离的基础上，非同源染色体上的非等位基因又进行自由组合，从而形成各种组合的配子。可见三大规律在配子形成过程中相互联系、同时进行、同时作用。
基因连锁的规律是两对(或两对以上)的等位基因位于同一对同源染色体上，在遗传时位于同一个染色体上的不同(非等位)基因常常连在一起不相分离，进入同一配子中。在具有连锁关系的两个基因中，连锁关系是可以改变的;在减数分裂时，同源染色体间的非姐妹单体之间可能发生交换，就会使位于交换区段的等位基因发生互换，这种因连锁基因互换而产生的基因重组，是形成生物新类型的原因之一。
