临床上常将癫痫分为原发性和继发性。其中原发性癫痫又称真性癫痫或特发性癫痫或隐匿性癫痫，其病因尚未明确。继发性癫痫又称症状性癫痫，可以找到病因，常继发于脑部疾病、颅脑肿瘤、颅脑外伤、颅内感染、脑血管病、脑变性疾病等。在低氧、代谢性疾病、心血管疾病、中毒性疾病等全身性疾病时也可发生。
癫痫的发病机制复杂，至今尚未阐明，目前多归因于神经元的过度同步放电。分子遗传学研究已取得突破性进展，如已明确的原发性全身性癫痫及伴有精神发育迟滞的癫痫的遗传方式为常染色体隐性遗传，而伴有幻觉特征的癫痫为常染色体显性遗传等。
癫痫发作是大脑皮质神经元功能障碍的临床表现。首次癫痫发作的原因可以是：
1.由于急性脑部功能性障碍，例如高热、代谢失调等，或结构性病变，如中枢神经系统感染、脑血管疾患、头部外伤或脑肿瘤等所引起的反应性癫痫发作(reactive epileptic seizure)。其预后则依引起癫痫发作的原因而异，可能一生中就只有这一次，但也可能在急性期过后，又反复发生癫痫发作而成癫痫，是为症状性癫痫(symptomatic epilepsy)。
2.由于过去曾经有各种类型的脑伤，或先天具有脑伤或畸形，虽然当时并未发生癫痫发作，但后来却发生癫痫发作，且根据临床检查结果可以推测此癫痫发作与过去的脑伤具有高度的相关性。其发作可能也只有1次，但较常见的则会反复发生而成癫痫，也是症状性癫痫(symptomatic epilepsy)。
3.过去未曾有任何脑损伤，且根据临床资料，推测首次癫痫发作可能是与遗传因素较具相关性的原发性癫痫(idiopathic epilepsy)，其发作可能也是只有1次，但较常见的则会反复发作而成癫痫。
4.过去虽未曾有任何脑损伤的病史，但根据临床资料，则怀疑还是可能有其隐藏的脑损伤或脑功能障碍而引起癫痫发作，称为隐源性癫痫(cryptogenic epilepsy)。
5.癫痫发作只发生于直接受到外来或由于内在的刺激时，前者例如间歇性光刺激、声音刺激等，后者如计算、思考等，若能避免相关的诱因或接受去敏感治疗，则较少再发，称为反射性癫痫(reflex epilepsy)。
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