主要治疗办法是针对病原体使用抗生素，由于咳痰时检查厌氧菌无意义，所以常用的方法为气管内吸出物，支气管吸出物或脓胸液体的定量培养。在医院以外发生吸入性肺炎的病人，一般有厌氧菌感染，但医院内吸入性肺炎一般涉及多种微生物，包括革兰氏阴性杆菌，金黄色葡萄球菌以及厌氧菌。对于厌氧菌感染，常用药物为克林霉素600mg静脉注射，每6~8小时1次。也可选择甲硝唑合用克林霉素。
对于医院内吸入性肺炎，革兰氏阴性杆菌和金黄色葡萄球菌是混合性感染中的最主要成分。这些微生物易于从咳出的痰培养中发现，体外药敏试验有助于抗生素的选择。对于危重病例的抗生素经验性使用为氨基糖苷类或环丙沙星联合下述药物中的一种：第3代头孢霉素，亚胺配能，抗假单孢的青霉素或β-内酰胺-β-内酰胺酶抑制剂(如替卡西林加棒酸)。对青霉素过敏的病人可选用氨曲南加克林霉素。
下气道机械性阻塞可因吸入中性液体或颗粒性物质引起(如溺水者,严重意识障碍病人可吸入非酸性胃内容物或喂进的食物等)。此类病人需立即行气管吸引。颗粒性物质也可能停留在下气道内。最常见的物体是植物(如花生米)。这种事故常见于口腔尚在发育阶段的儿童，但成年人也能发生，特别是在吃饭时吸入肉食---"餐馆冠脉综合征。症状取决于物体及气道的直径。气管高位阻塞可产生急性窒息，往往出现失音和迅速死亡。
较远端的气道阻塞会造成刺激性慢性咳嗽，常伴阻塞远侧的反复感染。胸部X线检查在呼气时可清楚看到患侧肺脏膨胀不全或膨胀过度;部分阻塞使心脏阴影在呼气时向健侧移动。另一诊断线索是同样的肺段有反复肺实质感染。治疗包括吸出阻塞物，通常用支气管镜。
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