病原体是沙眼衣原体15个血清型中的L1、L2、L3三种血清型，其中以L2血清型最为常见。与其他的血清型相比较，L型具有更强的侵袭力。人是L型沙眼衣原体的惟一自然宿主。皮肤、黏膜上的破损是衣原体侵入的前提条件。病原体感染人体后，主要侵犯皮肤和淋巴组织，侵袭力较强，累及更深层机体组织，引起较严重的全身病变，而不像沙眼衣原体的其他血清型主要局限于黏膜。
衣原体通常经微小的伤口进入皮肤和黏膜，局部感染被引流至近卫淋巴结，早期LGV病变仅局限于1～2组淋巴结，感染的淋巴结又引起周围组织的炎症，产生的基本病理变化为血栓性淋巴管炎和淋巴管周围炎。淋巴管炎主要特征是淋巴结内的淋巴LU泡和间隙的内皮细胞增生，淋巴结肿大，形成小而散在的、由内皮细胞紧密包裹的坏死灶。坏死灶吸引多形核白细胞集结，变大形成特征性三角或四角形的“卫星脓肿”。腺周炎使得相邻的淋巴结缠绕在一起，随着炎症加重，脓肿融会并破溃，形成有小腔的脓肿、瘘管、窦道。炎症过程持续数周至数个月，因出现纤维化而愈合，此时淋巴结正常结构消失，淋巴管被堵塞，所形成的慢性水肿和纤维硬化使病变部位表现为肿胀和硬节。纤维化同时影响表面皮肤黏膜的血液供应，产生溃疡。发生于直肠黏膜的破坏和溃疡引起肠壁炎症、淋巴引流阻塞、纤维形成、炎性狭窄，乙状结肠下段和直肠部位有大量黏着物，影响盆腔及周围器官。
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