对儿童抽动症的病因尚未完全弄清，儿童在发育过程中，大脑运动分析器兴奋性高，容易发生抽动性反应，尤其在具有特殊素质的儿童，当有各种精神因素或模仿他人动作时，均易形成这类运动性条件反射，成为病理性惰性反应，开始可能是患者对某些刺激的反应，日久则成为习惯性抽动。
1.遗传因素
短暂性抽动障碍可有家族聚集性，患儿家族成员中患抽动障碍较多见，故认为可能与遗传因素有关。
2.躯体因素
开始时往往由于局部刺激而产生抽动，如眼结合膜炎，倒睫刺激引起眨眼，鼻炎或上呼吸道感染而出现吸鼻，面肌抽动，当局部疾病因素去除后，抽动症状仍继续存在。
3.体质因素
有抽动症的小儿，一般不安静，对人对事较敏感,神经质，要求水准高，有固执倾向，并常合并一些心理性症状，如头痛，腹痛，不明原因的发热，便秘，哮喘，遗尿等。
4.情绪因素
常与家庭有关，常见的因素如父母对患儿过高的学习要求，过多的责备，母亲常有神经质，精神上不安静，过多的干预使小儿发生情绪障碍，特别是焦虑和紧张等情绪，抽动即是心理上的矛盾冲突在运动系统方面的反应，家庭的争执，父母离婚，亲人死亡等，另外，还有人认为与患儿曾有过运动活动遭受限制的历史有关，如父母对儿童安全过分担心或早年的某些疾病限制了儿童的活动，精神上的刺激也可成为诱因，或患儿近期遭受意外事件如生病住院，遇见危险等，或患儿看紧张的电视，录像节目，玩紧张的游戏如打游戏机等，抽动成为心理应激的一种表现，这一因素在短暂性抽动障碍中起主要作用。
5.学习理论
开始时的抽动可能是出于条件性的逃避反应，如眼中有异物而眨眼，或学习其他人的某些生理缺陷或病态，后来由于外界的原因起到了增强作用，以致形成了习惯性抽动。
6.药源性因素
中枢神经兴奋剂如哌甲酯，抗精神病药的长期服用可能产生抽动症的不良反应。
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