急性中性粒细胞减少症与恶性肿瘤，骨髓抑制疗法或免疫抑制疗法有关的获得性暂时性急性中性粒细胞减少症的处理是不同于先天性或慢性中性白细胞的。患者感染时可能仅表现为发热。感染是本病主要的死亡原因，因而对感染应高度警惕。感染的早期诊断与治疗可挽救生命。若怀疑由于药物诱发的急性中性粒细胞减少症，应立即停用可能有害的药物。
对急性中性粒细胞减少症的发热患者，开始可凭经验选用广谱抗生素进行治疗。怀疑有严重感染的患者，在化验检查的同时，通常从静脉给予大剂量广谱抗生素。在大多情况下，即使怀疑或证实菌血症，输入血管的导管可适当保留，然而导管仍应尽可能快地撤去。凝固酶阴性葡萄球菌或金黄色葡萄球菌是导管相关感染的最常见的致病菌种。凝固酶阴性葡萄球菌感染常对抗生素治疗有效。金黄色葡萄球菌，枯草杆菌sp，棒状杆菌sp或念珠菌sp感染时一般需撤去导管并给抗生素治疗。
应根据特定情况下主要的感染病原体对抗生素敏感性来选择治疗方案。当开始治疗时应考虑到该方案可能的毒性。
由于病原体扩散的危险和可能随之而来的耐药菌感染，不宜任意的选用治疗方案，包括凭经验使用万古霉素作为开始治疗急性中性白细胞发热。若培养阳性，则应调整使用与之敏感的抗生素进行治疗，通常至少持续7~10天。若在72小时内退热，抗生素应持续至少7天，直到感染的症状与体征完全消失。尽管抗生素治疗常持续至中性粒细胞500/μl，但在特殊病例须另行考虑抗生素治疗停止的时间，特别对那些长期中性粒细胞减少而感染症状和体征已消退的患者尤应如此。
发热在72小时内不能消退，尽管已凭经验给予抗生素治疗，提示非细菌性病因或细菌对所选的方案药物产生耐药性;伴有第二种细菌感染;血清或组织内抗生素浓度不足;或血管局部感染(如脓肿)。中性粒细胞减少患者发热到第4或5天应作严格地检查。若临床病情改善，原先使用的抗生素方案可持续进行。若在恶化，应更换抗生素方案。在许多情况下，在方案中凭经验加入万古霉素是确当的。由于真菌感染是中性粒细胞减少患者持续发热的重要病因，在使用广谱抗生素治疗7天，体温未退的中性白细胞减少患者应经验性在方案中加入两性霉素B。若经验性抗生素治疗3周后包括两性霉素B2周，患者热未退，应考虑停止所有抗生素，同时诊察发热病因。
对非发热中性白细胞减少症患者，预防性抗生素治疗的作用仍有争论。甲氧苄啶-磺胺甲噁唑(TMP-SMX)对中性白细胞减少症和细胞免疫损伤的非中性白细胞减少患者可有效地预防卡氏肺囊虫肺炎。在预期极度中性白细胞减少一周以上的患者使用TMP-SMX也可降低细菌感染率。TMP-SMX预防性治疗的缺点包括副反应，潜在性抑制骨髓和发生耐药细菌及口腔念珠菌病。使用两性霉素B或氟康唑(fluconazole)预防真菌感染高危病例(如骨髓移植后)已作评估，但全身性抗霉菌药预防疗法在中性白细胞减少症患者中作为常规治疗之一是不宜提倡的。
应用糖皮质激素类固醇，雄激素和维生素刺激骨髓产生更多的中性白细胞，结果并未奏效。两种细胞因子，G-CSF和GM-CSF已广泛应用于严重的中性白细胞减少症患者(BMT后和强烈化疗后)以预防发热和感染。细胞因子疗法费用昂贵，若发生中性白细胞减少的危险率≥30%，G-CSF的花费是值得的。一般在化疗完成后24小时注射G-CSF，剂量5μg/(kg。d)，皮下注射。G-CSF和GM-CSF可加速BMT和强化疗患者中性白细胞数回升至500/μl。
生理盐水或过氧化氢漱口液每隔数小时一次，麻醉啶(苯唑卡因15mg每3或4小时1次)或氯己啶(chlorhexidine)口腔冲洗(1%溶液)可缓解由于口咽溃疡引起的不适。口腔真菌感染可用制真菌素液口腔漱洗(40万~60万u每天4次)。急性粘膜炎应给予半流质或流质饮食。
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