在确诊为AEF或高度怀疑该病时，应行手术治疗。
1.术前准备
手术前必须行血培养或感染伤口分泌物培养及药物敏感试验，便于术中选择抗生素;矫正血容量及水电解质紊乱;鼻导管置入胃管减压;静脉给予广谱抗生素。病情不稳定的患者作一般紧急处理后应立即送手术室，边矫正，边进行剖腹探查。
2.手术治疗
主动脉肠道瘘的病人不施行手术治疗常可致死，但手术危险性也很大。手术方法视下列具体情况决定之。
(1)腹主动脉瘤系自发性破裂者，可施行Ⅰ期的动脉瘤切除、血管重建和十二指肠瘘口的修补缝闭。倘瘘位于血管与移植物的吻合口，则手术有许多困难，可参照下述方法。
(2)如无明显的局部感染和败血症，而血管重建外的吻合口破损是原先缝合线断裂，做局部修补效果良好。但多数需将一段新的人造血管移植入到原主动脉吻合口近端的新鲜创缘上(原断裂的吻合口做修整或切除)。
(3)若移植的血管有感染情况，应将其切除，通过间接的人工血管旁道，代替腹主动脉的功能，即分别做两侧腋动脉的架桥(人造血管)转流术;或者一侧腋动脉与股动脉架桥和左、右股动脉之间架桥转流。主动脉近、远两个残端须谨慎地做双重缝合，并用大网膜覆盖，以免破裂。手术时主动脉的控制部位须在肾动脉水平的上方，如局部有大的炎性包块者，则需要剖胸暂钳夹胸主动脉，以控制出血。
3.术后处理
术后必须继续进行持续胃肠减压;维持良好的血循环;注意观察双下肢的皮温、颜色、股动脉、?动脉和足背动脉搏动情况;应用广谱抗生素，待药敏试验结果后进行调整;注意观察引流物的性质和引流量;定期应用CT、MRI、超声等检测新移植的人工血管或动脉残端的情况，特别注意有无假性动脉瘤形成的征象。
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