首选两性霉素B，成人推荐剂量每天0.6mg/kg，2～3天后逐步增加剂量，直至每天1.0mg/kg。疗程未确定。累积剂量最高可达4000mg。在高度可疑但未确诊者经验性应用两性霉素B治疗，若至疗程第7天未见疗效则应停用。氟胞嘧啶(5-氟胞嘧啶)对肺曲霉病的抗菌活性通常较低，但与两性霉素B有协同作用，在重症感染患者可以联合使用。其不良反应特别是骨髓抑制作用，应用受到限制。实验室资料证明利福平与两性霉素B对曲霉有协同抗菌活性，而其肝毒性和免疫抑制作用也同样限制了它的应用。伊曲康唑对曲霉有良好抗菌活性，已有成功治疗肺曲霉病的报道。急性肺曲霉球有时会破溃造成严重的系统性播散，因此主张凡能胜任手术者应予外科切除。在粒细胞缺乏者并发肺曲霉病时输注粒细胞作为辅助治疗有一定作用，但有文献报道两性霉素B与输注粒细胞联合使用增加肺部毒性反应，必须十分谨慎。有个别报道高剂量两性霉素B每天1.0mg/kg，联合氟胞嘧啶(5-氟胞嘧啶)在开始抗癌化疗前使用以预防曲霉性肺炎发作获得成功。
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