部分丝状疣可以在没有治疗的情况下自然消退，不需要治疗。但是当疣体影响外观时，可选择寻求治疗。治疗以破坏疣体、调节局部皮肤生长、刺激局部或全身免疫反应为主要手段，主要采用物理治疗和外用药物治疗。系统药物治疗多用于皮损数目较多或久治不愈者。
一般治疗
注意休息，避免搔抓。
药物治疗
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。外用药物治疗5-氟尿嘧啶软膏，因可遗留色素沉着以及局部刺激，故颜面慎用。此外，还可能出现局部疼痛、皲裂、水肿、过敏反应、化脓等不良反应。3%酞丁胺霜或3%酞丁胺二甲亚砜溶液。0.1%～0.3%维A酸酒精溶液，局部外用。副作用有局部轻度灼烧感、红肿、脱屑及色素沉着。水杨酸，常用浓度为10%～26%。主要通过促进表皮剥脱发挥治疗作用，常联合冷冻治疗，但可能有局部刺激性和过敏，应避免用于眼睑等部位。其他，如5%咪喹莫特霜，0.5%鬼臼毒素。但可能有局部刺激性和过敏，应避免用于眼睑等部位。皮损内注射平阳霉素用1%普鲁卡因稀释后注射于疣体根部，每周1次，适用于难治性疣，不建议用于眼睑等部位。系统药物疗法目前尚无确切有效抗HPV治疗药物，可适用免疫调节剂，如干扰素、左旋咪唑等。
手术治疗
刮除术：对于皮损较少者，医生可能建议用特制的工具将其刮除。
外科手术切除：手术切除疣体也可用于丝状疣的治疗，术后可能会在治疗区域留下瘢痕。
中医治疗
中医中药治疗疣的报道甚多，常常用于难治性疣的辅助治疗，对于丝状疣不作为首选。
其他治疗
主要是物理治疗，包括冷冻、电灼和CO2激光等，适用于皮损数目较少者。冷冻疗法常用治疗方法。医生会用棉签蘸液氮或用液氮冷冻器的冷头抵压疣损害，并根据损害的大小及深度决定冷冻时间及所施压力。如果一次治疗不成功，可在 2～3 周后再冷冻一次。做完冷冻治疗后局部出现水疱、大疱是正常反应，但要注意防止继发感染，遵医嘱到医院进行无菌穿刺抽液及换药，或用生理盐水或3%硼酸溶液冷敷。冷冻治疗区域应充分暴露，避免接触水，必要时可外用抗菌药物。电灼术可立即去除病灶，但是灼烧过深者，可能产生瘢痕。激光治疗通过光能灼伤疣体，使组织坏死，从而使疣体脱落。可能会出现疼痛和疤痕。
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