临床表现：
NGU的潜伏期为1～5周，一般为2～3周。
(一)男性非淋菌性尿道炎
(1)症状：有尿道刺痒和排尿疼痛，少数有尿频。晨起尿道口有少量黏液性分泌物或仅有痂膜封口，或裤裆污秽，症状与淋菌性尿道炎相似，但程度较轻。部分病人无症状。患者可同时发生淋病双重感染。
2.合并症
(1)附睾炎：是NGU的主要合并症。据报道，在未经治疗的NGU病人中，附睾炎的发生率为1%～2%。在35岁以下的性活跃人群中，衣原体附睾炎发生率较高，多为急性附睾炎，表现为单侧附睾肿胀、硬、触痛，睾丸可有疼痛及触痛，阴囊有水肿，输精管常有增粗、疼痛。部分病人的血清中抗沙眼衣原体抗体、抗支原体抗体升高。直接从肿胀的附睾中抽取液体可分离出沙眼衣原体和支原体。
(2)前列腺炎：并发前列腺炎时可有后尿道、会阴及肛门部位的坠胀感和钝痛感，还可发生性功能障碍。直肠指检可触及肿大、有压痛的前列腺。急性期，充血肿大的前列腺腺体可压迫后尿道，引起后尿道梗阻，表现为排尿费力、尿线变细、尿频及尿流中断。亚急性前列腺炎较常见。慢性前列腺炎可无症状或仅有会阴痛、阴茎痛。
(3) Reiter综合征(Reiter's syndrome)：主要表现为关节炎、结膜炎和尿道炎三联征。多发生于HLA-B27抗原阳性的病人，具有遗传背景。0.8%～3%的NGU病人发生Reiter综合征，男性多于女性。Reiter综合征与沙眼衣原体有关，但也可发生在菌痢及血清反应性关节病之后，与NGU无关。
(4)不育：解脲支原体阳性的患者常有精子数量少、异常精子增多、精子活力低及精液粘稠度异常等表现，可引起男性不育。解脲支原体也可吸附于精子，影响精子对卵细胞的穿透能力，或妨碍受精卵的种植及发育。
(5)其他：在男性同性恋中可并发非淋菌性直肠炎。约1%～2%的NGU由于自身接种而并发结膜炎。
(二)女性非淋菌性泌尿生殖道炎
多以宫颈为中心扩散到其他部位。
(1)黏液脓性宫颈炎：表现有白带增多，子宫颈水肿或糜烂，但临床症状不明显。
(2)尿道炎：尿道灼热或尿频，检查尿道口充血、微红或正常，挤压尿道见分泌物溢出.不少患者无任何症状。
(3)合并盆腔炎：包括输卵管炎、子宫内膜炎。本病可致宫外孕或不育。
2.合并症
(1)盆腔炎：包括输卵管炎和子宫内膜炎。急性输卵管炎时表现为下腹疼痛、压痛、反跳痛;或有膀胱刺激症状，伴发热，病情严重者可有高热、寒战、头痛及食欲不振等。慢性输卵管炎表现为下腹隐痛，多数病情较轻，下腹部可有轻微压痛，体温一般不高，因此病人容易延误就诊，可引起子宫附件损害而致富外孕或不孕。
(2)低出生体重儿、习惯性自发性流产：支原体感染孕妇可导致低出生体重儿、习惯性自发性流产。
(三)新生儿衣原体感染
新生儿衣原体感染是在围产期接触母体的子宫颈引起的，于出生后数日发生沙眼衣原体结膜炎，在1～3月龄的婴儿发生亚急性、非发热性肺炎。
1.新生儿衣原体结膜炎：经产道感染。约40%～50%有沙眼衣原体宫颈炎的产妇的新生儿患结膜炎。症状多在生后5～14天内出现，大多数为单侧，主要为结膜充血、水肿，时有脓性粘液性分泌物溢出。婴儿会烦躁不安。但也可无症状。如不能及时正确处理，可变成慢性，导致瘢痕形成，严重者失明。眼结膜取材可找到细胞浆内包涵体，有条件者可分离H：沙眼衣原体进行确诊。
2.新生儿衣原体肺炎：在分娩过程中，胎儿通过被衣原体感染母亲的产道时，衣原体常以结膜或鼻咽部作为门户侵入胎儿体内。据报道，约20%新生儿被感染。亦有报道认为，一半患儿有衣原体结膜炎病史或同时患有结膜炎。临床表现多变，断续咳嗽，不发热，两肺有广泛的啰音。胸片示肺高度膨胀和间质浸润。嗜酸性白细胞增多(超过0.4×10^9/L)，lgG和IgM增高。从结膜、鼻咽、气管分泌物中可分离出D～K型沙眼衣原体。
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