隐球菌病的诊断：
一、检查
1.直接镜检 脑脊液、组织切片、痰、支气管冲洗液、脓液、血液及尿液等直接涂片用印度墨水染色检查有无带荚膜的酵母细胞，而对痰液和脓液则需先用10%KOH处理再加墨水染色。组织切片可用PAS、GMS和HE染色，也可用粘蛋白卡红染色显示多糖荚膜。注意，极个别情形可见无荚膜的变种。凡是从脑积液、组织切片、血液或尿中见到带荚膜的酵母细胞，不管是否有临床症状，都有临床意义。痰标本阳性也应高度怀疑本病，虽然有时新生隐球菌可作为腐生菌存在于呼吸道分泌物中。75%～90%的隐球菌性脑膜炎的脑积液中可分离出隐球菌。所有隐球菌镜检阳性的病人均应进一步做培养和抗原检测。
2.培养 标本接种于原代分离培养基，如沙氏葡萄糖琼脂。观察透明、光滑的凝胶样菌落，后期变为粘液状，颜色呈乳酪样。从宿主任何部位分离出新生隐球菌均有意义。脑脊液培养阳性有确诊价值，而呼吸道分泌物培养阳性而又无临床症状者需寻找其他支持诊断的证据。
3.血清学 检测脑脊液中的新生隐球菌荚膜多糖抗原已成为诊断隐球菌性脑膜炎的一个重要手段，在艾滋病合并隐球菌感染的患者，几乎100%的病例都能从血清中检出隐球菌抗原，而在非艾滋病人组中其检出敏感性降低，阳性率仅60%.注意应该用蛋白酶预先处理血清标本以提高抗原检出率并避免假阴性结果。
4.分子生物学 近来国内外均有人尝试用PCR和分子探针的方法快速检测标本中隐球菌的靶DNA。
5.影像学检查 有50%的中枢神经系统隐球菌病的患者CT或MRI检查表现异常。虽然为非特异性表现，但对诊断和治疗随访有帮助。
二、诊断
诊断是根据在患者的组织标本、BALF中查到隐球菌，或是在患者的血液和(或)中枢神经系统中检测到隐球菌抗原来确定。在治疗HIV阳性且有隐球菌感染可能的患者时，还应该评估患者同时合并存在的其他机会性感染。
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