当临床出现黄疸表现时， 进行性家族性肝内胆汁淤积症的诊断应行B超、CT检查以初步判断是肝内胆汁淤积还是肝外胆道梗阻。 如发现胆道扩张， 应进一步给予内镜逆行性胆胰管造影（endoscopic retrograde cholangio－pancreatography， ERCP）或经皮经肝胆道造影（transhepatic cholangiography， THC）或核磁共振胆胰管成像（magnetic resonance cholangio－ pancreatography， MRCP）， 一旦胆道占位病变被排除， 就应考虑IC可能。 胆汁淤积发生于中老年人， 应首先怀疑药物性肝损害所至肝内胆汁淤积性黄疸； 如果发生在年轻人， 又有致病因素存在时， 进行性家族性肝内胆汁淤积症的诊断应首先考虑胆汁淤积性病毒性肝炎； 妊娠的前3 mo， 胆汁淤积可出现在剧烈妊娠呕吐的孕妇， 在妊娠的后3 mo出现胆汁淤积性黄疸， 就要高度怀疑妊娠IC； 有复发性肝内胆汁淤积症家族史的患者， 首先要考虑良性复发性肝内胆汁淤积症； 中年妇女出现肝内胆汁淤积， 通常提示为原发性胆汁性肝硬化； 然而， 发生在年轻男性患者且伴有感染性肠道疾病时， 应首先考虑原发性硬化性胆管炎； 如果出现血管蜘蛛痣、腹水、并有酗酒史， 常提示有酒精性肝炎； 婴儿期胆汁淤积包括CMV、弓浆虫、外伤感染或代谢缺陷如肝脏囊性纤维化， α1－抗胰蛋白酶缺乏， 胆汁酸合成不足或胆道闭锁。
对进行性家族性肝内胆汁淤积症的诊断是给予有效治疗的前提， 临床上对于没有明显肝外胆道梗阻的黄疸患者， 都要考虑到肝内胆汁淤积性黄疸， 要认真询问病史（包括用药史）， 给予详细的体格检查、血清病毒学、细菌学、生物化学、免疫学（免疫球蛋白、各种自身抗体）及组织病理学检查， 尽可能做出病因学诊断。
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