先天性侏儒-痴呆综合征是遗传病，但是不是全部由遗传因素决定是否发病。先天性侏儒-痴呆综合征需要遗传因素与环境因素共同作用才能发病，遗传病常在一个家族中有多人发病，为家族性的，但也有可能一个家系中仅有一个病人，为散发性的。发病原因如下：
发病机理系胚胎期腮弓发育不良所致。亦有认为系淋巴水肿妨碍了正常组织的发育移动和器官定位，致各种畸形。遗传学多呈AD，少数呈AR遗传。因男性生育能力低下，致女性传递比男性多。识别成人类型和亚临床的心脏病变可降低散发病例的发现率。
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