在患本病的小孩中，有5%～10%患儿的疼痛是由器质性疾病引起的。引起复发性腹痛的疾病很多，包括泌尿生殖系统疾病、胃肠道疾病和一般疾病。有时本病是由于体内器官功能失调引起的，例如如果儿童的饮食不当，特别是挑食，如不吃牛奶和奶制品，可能会导致肠功能失调。另一个肠功能失调的原因是结肠的蠕动减少而引起的便秘，有时便秘是对一种不良的解便习惯的反应。
在处于青春期的女孩子中，这种反复腹痛也许是由于痛经期间(月经紊乱)子宫肌肉痉挛引起的。偶尔，在月经周期中排卵也会伴随着疼痛。
在80%～90%的病例中，本病都是由于心理而非生理或功能的原因造成的。由心理原因造成的腹痛常会在压抑、焦虑或抑郁时发生或加重。
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