1.诊断检查：
1.1.首要检查
1.1.1.细胞学检查
取宫颈分泌物涂片后行Giemsa染色，找包涵体。
1.1.2.分离培养
为诊断衣原体感染的金标准。
1.1.3.抗原检测法
为口前临床最常用，妊娠合并生殖道沙眼衣原体感染的诊断包括直接免疫荧光法和酶联免疫吸附法，敏感性、特异性均高。
1.2.次要检查
1.2.1.核酸检测
应用聚合酶链反应(PCR)技术检测衣原体DNA，敏感性高但有假阳性。
1.2.2.血清抗体检测
检测农原体IgG、lgM。
1.3.检查注意事项
1.3.1.涂片、培养法检查 无淋球菌的证据，取宫颈分泌物涂片，在油镜下平均每视野多形核白细胞>10个有诊断意义。
1.3.2.荧光抗体检查 用荧光素标记的抗衣原体单克隆抗体，检查分泌物涂片中的农原体，方法简便、快速，敏感性和特异性均较高，但需专门设备。
1.3.3.血清抗体检查 对妊娠合并生殖道沙眼衣原体感染的诊断无并发症泌尿生殖道感染价值不大。
1.3.4.聚合酶链反应(PCR) 具有微量、灵敏、特异、重复性好、操作自动化、较快获得结果等优点，敏感性和特异性较高。
2.鉴别诊断：
临床上易误诊为生殖道沙眼衣原体的疾病及特点如下。
2.1.淋菌性尿道炎
与生殖道沙眼衣原体相同的是由性交传播引起，但淋菌性尿道炎潜伏期短，一般为10～20日，起病较急，尿痛明显。衣原体尿道炎潜伏期较长，起病缓慢，尿痛不著，但两者有并存的可能。取尿道刮取物作病原体分离进行鉴别。
2.2.婴儿沙眼衣原体肺炎
新生儿出生后2～12周发生肺炎者应考虑沙眼衣原体肺炎，及时送鼻咽部分泌物作病原分离培养，并应除外病毒及支原体肺炎。
2.3.念珠菌性阴道炎
外阴、阴道瘙痒和白带增多。白带呈白色豆渣样或凝乳状。小阴唇肿胀、阴道黏膜充血、水肿，有白膜黏附，膜脱落可见轻度糜烂面。白膜镜检可找到菌丝和孢子。
2.4.滴虫性阴道炎
阴道有痒痛感，分泌物增多且呈泡沫状。阴道黏膜及宫颈可充血和(或)有出血点，呈特征性草莓状外观。阴道黏膜常充血，妊娠合并生殖道沙眼衣原体感染的检查可有血性分泌物。分泌物中查到滴虫可鉴别。
2.5.细菌性阴道病
表现为白带增多，旱灰色，均匀一致，pH值增高，有鱼腥味。涂片可见乳酸杆菌减少，革兰阴性杆菌增多，可见线索细胞。
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