血栓闭塞性脉管炎的病因至今尚不清楚，寒冷、重度吸烟、感染、营养不良和血管神经调节障碍有关，少数有遗传家族史。
1、吸烟：可导致血管痉挛，本病有吸烟病史者占80%—95%;
临床观察发现，戒烟能使血栓闭塞性脉管炎患者病情缓解，再度吸烟又可使病情恶化，Erb等在鼠的动物实验中发现，烟草浸出液能引起血管病变，Harkavy等用烟草浸出液作皮内试验发现，血栓闭塞性脉管炎患者阳性率达78～87%，而正常人仅为16～46%，但吸烟者中发生血栓闭塞性脉管炎毕竟还是少数，部分血栓闭塞性脉管炎患者亦无吸烟史。
2、寒冷、潮湿：可引起血管舒张失调，本病发病率以比较寒冷的北方为高。
有关实验表明，寒冷潮湿可使患者肢体血管明显收缩和痉挛，而且持续时间比正常人长。这说明患者的肢体对寒冷特别敏感。
中医认为复受寒湿之邪，寒凝气血，经络阻塞，不通则痛。四末气血不充，肢体失于温煦濡养，则皮肉枯槁，遂成本病。若寒邪久蕴，则郁而化热。热盛肉腐而致红肿溃烂。热邪伤阴，阴虚火旺，而致阴血亏虚，肢节失养，坏疽脱落。
3、激素：性激素、前列腺素缺乏，导致血液高凝状态而使血栓形成。绝大多数为男性(80～90%)，而且都在青壮年时期发病。
有人认为，前列腺功能紊乱或前列腺液丢失过多，可使体内具有扩张血管和抑制血小板聚集作用的前列腺素减少，并有可能使周围血管舒缩功能紊乱，血栓形成从而导致本病。
中医认为房劳过度，致肾精亏虚，肾阳虚则温煦无力，肾阴虚则相火消灼阴液，使气血运行不畅，四末失养，筋烂骨枯而成。
4、自身免疫功能低下而致病：免疫复合物沉积于患者的血管导致血管炎症反应和血栓形成。
5、感染：可致血管炎性增生，许多血栓闭塞性脉管炎患者有反复的霉菌感染史。
甲沟炎、外伤感染、脚癣等与本病的发生有密切的关系，这可能是由于感染因素，使局部血管抵抗力降低所造成。也有人认为，细菌和某些真菌，很可能是形成复合物的抗原的来源。细菌和其降解产物不断从咽、肺、肠、和皮肤进入体内。因此人类血清中常可发现抗多种细菌的抗体。由于这些抗体的量很少，故形成的复合物可无损害地从血液或其他组织中清除。如可溶性抗原进入血中与抗体结合形成复合物，沉积于血管，则引起血管炎。
病毒，病毒抗原，或病毒抗原--抗体复合物也可以沉积于血管而引起血管炎。一般多见于肝炎病毒、单纯疱疹病毒、巨细胞病毒及其他一些病毒。
6、高血脂、高血粘：血管弹性的下降并且逐渐形成血管硬化。
主要与大动脉弹性和小血管的阻力有关。如血管弹性下降，小血管阻力增强均可使血压升高。血管弹性下降，小血管阻力增高不但可以造成血压的升高，同样也会使血管本身的功能受损，此时对外界的抵抗力也就大为下降。血管弹性的下降并且逐渐形成血管硬化。
7、化学药品刺激：肾上腺素、麻黄素等药均有收缩血管的作用，会使外周血管收缩，管腔变窄，静脉压增高。
8、糖尿病：一般认为患糖尿病时，病人的血液粘稠度升高，血小板的功能亢进，前列腺素代谢失衡，从而使血管易发生斑块状变化，有利血栓的形成。还有一些疾病可使血管的抵抗力下降，而易发生血管病，如神经炎性疾病、过敏性疾病，这些疾病均可使小血管不同程度的损害，使其局部营养不良、缺血。
9、家族遗传：1～5%有家族史，不少学者发现人类白细胞抗原(HLA)的某些特殊位点与血栓闭塞性脉管炎的发病有关。日本学者发现血栓闭塞性脉管炎的HLA-J-1-1阳性率为46%，而正常人仅18%，另有报道，血栓闭塞性脉管炎患者的HLA-BW54，HLA-BW52和HLA-A阳性率增高，其中HLA-J和HLA-BW54均受遗传因子支配。
10、中医认为是饮食不节，过食辛辣之品，损伤脾胃，脾失运化，导致气血乏源，生湿生热，气血不能充盈脉道，肢末失养而成本病。
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