消化不良病人常常未作实验室检查即开始接受治疗。实验室检查中大约50%的消化不良病人未查出任何异常，即使有一些异常结果，常常也不能解释所有这些症状。
因为消化不良可能是某些严重疾病的一个早期表现，所以对某些病人应作进一步检查。如果消化不良持续几周以上，治疗无效，或伴有体重下降或其他一些不好解释的症状，则应作进一步检查。实验室检查通常包括全血细胞计数和粪便是否含有血液的检查。如果病人有吞咽困难或呕吐、体重下降，或与进食无关的腹痛，则应该作食管、胃或小肠的X线钡餐检查。内镜(光学纤维内窥镜)可用于检查食管、胃或肠道的内表面，还可取胃的标本做活检，在显微镜下检查可以判断有无幽门螺杆菌感染。其他检查，如测量食管收缩情况或对酸的反应，也能提供有用的资料。
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